游戏于2006年11月7日在北美正式发售,同日也在亚洲地区(日本除外)发售行货版本;欧洲地区版本(德国除外)则在2006年11月17日开始发售;日本地区版本也在2007年1月18日发售。游戏行货版本分为普通版和限量铁盒版:普通版包括游戏磁碟片和海报;限量版则包括光盘、说明书、设定画册、制作花絮,包装也改为铜盒外壳。本作将讲述二代主角团本宫大辅、八神光等人长大后的故事:2012年——数码世界冒险结束后的10年,被选召的孩子们走上各自的道路,但和数码宝贝之间仍保持着不变的羁绊,突然某一天,东京塔上空出现了巨大的数码蛋,数码宝贝史上最大的危机即将到来!